Hal itulah yang membuat Pangeran Diponegoro marah dan menganggapnya sebagai suatu penghinaan. Untuk memperkuat kekuasaannya beliau membangun pusat pertahanan di Selarong. Dukungan pada pangeran Diponegoro datang dari mana-mana, sehingga pasukan Diponegoro semakin kuat.

Taktik benteng stelsel ini bertujuan untuk mempersempit gerak pasukan Diponegoro. Pasukan Diponegoro semakin bertambah lemah, terlebih lagi pada tahun 1829 Kiai Mojo dan Sentoto Alibasya Prawirodirjo memisahkan diri.
Selanjutnya Belanda menangkap Pangeran Diponegoro dan di bawa ke Batavia yang selanjutnya dipindahkan ke Manado, kemudian dipindahkan lagi ke Makassar. Pangeran Diponegoro meninggal dunia di Benteng Rotterdam pada tanggal 8 Januari 1855.